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CM的朋友们,请共同加入寻找SARS解药的队伍

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发表于 2003-5-10 20:06:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
具体请看 http://nosars.126.com

加入网格计算,找寻SARS解药




  加拿大科学家最近将SARS病毒列为一个网格计算项目的新目标。中国人绝对应该更加积极地参与到这个项目中,因为也许有了你的电脑的帮助,制服SARS的药物就能够早一天发现。

  希望参与此项目的电脑用户,只需到相关网站下载并安装一个软件。这个名叫D2OL的软件启动后在后台运行,利用电脑的闲置运算能力工作,自动从网站获取数据包,运算完成后自动发送回去,一般不需要用户干预。

  该软件计算不同的化学物质分子与病原体产生的蛋白质相互作用的可能性,寻找对抗炭疽、天花、埃博拉出血热、鼠疫等疾病的药物。SARS在全球的肆虐使科学家最近决定将它列入运算目标。

  主持该项目的是加拿大Rothberg儿童疾病研究所。该研究所负责人Bonnie Gould Rothberg表示,由于参与项目的人数迅速增长,目前网站速度很慢,研究所正在加紧对之升级。

  如果运算发现某种化学物质有潜力作为对抗SARS的药物,中国上海复旦大学的科学将在实验室中将该物质作用于SARS病毒样本,观察实际效果。Rothberg研究所的顾问、复旦大学访问教授许田说,他们希望测试100万种化学物质,寻找有效的药物。

  许田说,现在还不能预期这个项目会有什么结果,但既然SARS如此严重,就必须付出努力。许田是耶鲁大学遗传学教授、中国科学院海外评审专家之一。他正与复旦大学的科学家合作检验各种可能的SARS疗法,包括用于对抗其它疾病的药物和中药等。

  网格计算(Grid Computing)是在个人电脑普及和互联网发展的基础上产生的一种新型运算方式,它通过网络把大量个人电脑联合成为一台强大的虚拟“超级计算机”,利用这些电脑的闲置能力来解决需要大量科学运算的问题。这类项目的一个典型代表是分析射电望远镜数据、寻找地外智慧生命的seti@home计划,目前参与该计划的计算机超过447万台。

  寻找药物是网格计算近两年来的一个新热点。面对数以千万计的化学物质,科学家不可能在实验室中一一试验它们治疗某种疾病的可能性。以化学物质和疾病相关蛋白质的分子结构为基础,计算它们结合的可能性,可以从大量分子中筛选出几种比较有潜力的进行试验,大大加快新药研制的速度。

  软件下载地址:
  http://www.d2ol.com/dOL/download_instructions.html


  简单FAQ(生命虫子提供):
  1、下载后安装,这个没有什么可说的
  2、开机不会自动运行(可在软件参数里面选择开机运行),人工运行后在系统托盘有一个小图标
  3、该软件运行原理是,从网站上下载数据包,计算完成后将结果发回,重新下载新的软件包。缺省参数设置下,软件认为计算机一直连在网上。因此如果你一直连在网上的话,不需要干预这个软件的运行,也不需要保存结果。一个数据包算完后,如果不能上网,托盘图标会变成红色(灰色?反正绿色代表正在运行)
  4、对于P4 1G的机器,一个数据包要算约2小时。
  5、该软件目前计算6种病毒的候选药物,分别是炭疽、天花、SARS、埃博拉病毒、肉毒杆菌毒素和鼠疫。用户不能选择某个病毒,估计是循环算的(或者随机?)。
  6、如果想停止软件的运行,用鼠标右键点击后选择‘Suspend Tasks’即可。
  7、计算机的内存大点儿可能有好处。后台计算的时候CPU占有率100%,但并不影响上网和文字处理。

  补充说明(冷饭提供):
  在Windows底下Task Manager中可以看见这个程序的进程名为GridWin.exe。它的运行优先权为最低,所以一般来说如果你的计算机没有什么工作要做,它就获得了所有的CPU资源,但是如果你有其他事情要做,它就会占用很少的资源。它的内存资源占用在我这里总是约20M。如果你把它挂起,也就是右选托盘中的图符再选Suspend Task,它就不占用什么资源了,当然它也就不工作了。所以如果你只是上上网打打文章,完全可以开着它,如果要玩游戏作计算,那最好关了,或挂起这个程序。用户不能选择某个病毒,我现在算的就是埃波拉病毒。
  如果你关了游戏或退出程序,它已经计算好的结果不会丢失,等下次运行而且你连着网时就会送出去。你不需要一直连着网,它会下载大约需要12到24小时计算的数据(可以把Properities/General/Candidate queue size增大以增大预先排队需要计算的数据量,如果你不经常连网的话。)

  再补充(碧声):
  1、国内教育网用户可能很难连通软件下载页面,即使下载安装成功,连接该网站也比较困难。不过D2OL软件支持代理服务器,可以试试。
  2、如果非教育网宽带用户也发现很慢或连不上,表明参与人数较多、服务器负荷很重。请过几小时或一两天再试。让我们期待服务器硬件赶紧升级……
  3、欢迎传播此页面。这是一场与病毒的赛跑,多一分力量,就能多争取一点时间。
 楼主| 发表于 2003-5-10 20:07:19 | 显示全部楼层
 楼主| 发表于 2003-5-10 20:07:42 | 显示全部楼层
[关于注册]
免费注册account: http://d2ol.sengent.com/memberServices/myHomepage.jsp

注册完之后,可以添加多个nodes,可以加入team.(请大家都去加入China SARS Team)

排行榜: http://d2ol.sengent.com/stats/snapshot.jsp

希望China SARS team能够早日成为Top Team
 楼主| 发表于 2003-5-10 20:08:13 | 显示全部楼层
我国现在的TEAM排名,大家快来啊
Rank Name Cands Confs Best Result Discovered

72 Hong Kong 7,264 145,280 -16.51 (S) Apr 17, 2003

99 CGU_Taiwan 3,840 76,800 -16.55 (S) May 03, 2003

114 Taiwan_HCEB 3,388 67,760 -263.67(SARS) May 07, 2003

118 NCTU@Taiwan 3,172 63,440 -17.16 (SARS) May 06, 2003

★129 China SARS team 2,917 58,340 -16.56(SARS) May 09, 2003 ★

410 China SARS Team 1 20 -7.00 (SARS) May 09, 2003
 楼主| 发表于 2003-5-10 20:10:23 | 显示全部楼层
我已经开始
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